Automatización de workflows en R y Python con targets y snakemake

La automatización de workflows es esencial para garantizar reproducibilidad, escalabilidad y eficiencia en proyectos de ciencia de datos. En este taller, exploraremos el uso de targets y snakemake, dos herramientas poderosas para la gestión de workflows en R y Python, en un entorno colaborativo y reproducible.

A través de ejemplos prácticos, los participantes aprenderán a:
- Diseñar workflows reproducibles utilizando targets en R.
- Integrar snakemake para coordinar tareas que utilizan scripts en R y Python.
- Implementar estrategias para manejar dependencias y optimizar la ejecución de procesos.

Al finalizar, los asistentes tendrán las habilidades necesarias para construir pipelines reproducibles y escalables que hagan transparentes todos los pasos de un flujo de análisis, desde la adquisición de datos hasta la generación de reportes, integrando múltiples lenguajes y herramientas.

Instructora: Diana García

Soy Diana García, Bióloga Computacional del Breast Oncology Program en el Dana Farber Cancer Institute, donde investigamos las alteraciones del genoma asociadas a resistencia a terapias en cáncer de mama mestastático. Tengo un doctorado en Ciencias Biomédicas y una maestría en Ciencias de la Computación y experiencia desarrollando software tanto en la academia como en la industria. Disfruto mucho enseñar programación, fui profesora en CETYS Universidad, Campus Tijuana, y tallerista en la Escuela de Código Pilares en CDMX. Formo parte de R-Ladies Boston y del programa de camiones de rOpenSci, previamente participé en PyLadies CDMX y en Women Who Code CDMX.